Le conseil médical départemental est une instance consultative chargée de donner des avis sur les questions médicales concernant les agents de la Fonction Publique.
Réuni en formation plénière, il se prononce sur l'imputabilité au service d’un accident ou d'une maladie lorsqu’un fait commis par le fonctionnaire ou une circonstance étrangère au service ne permet pas à l'administration d’établir elle-même le lien entre le service et la maladie ou l'accident. Il est également consulté pour déterminer le taux d’incapacité permanente suite à maladie professionnelle, pour attribuer l'allocation temporaire d’invalidité, pour les mises à la retraite pour invalidité et l’attribution d’une rente à un fonctionnaire stagiaire licencié pour inaptitude physique.
Placé auprès du Préfet de département, le conseil médical départemental plénier est composé des médecins siégeant en formation restreinte et de représentants de L’administration et des personnels. Dans le cas où le conseil médical départemental plénier doit examiner la situation d'un personnel enseignant-chercheur, le décret n°84-431 du 6 juin 1984 modifié fixant les dispositions statutaires communes applicables aux enseignants-chercheurs et portant statut particulier du corps des professeurs des universités et du corps des maîtres de conférences prévoit dans son article 20-3 que l'agent est alors représenté par 2 enseignants-chercheurs de son établissement d’affectation appartenant au même grade ou, à défaut, au même corps, désignés par les enseignants-chercheurs et personnels assimilés représentants titulaires et suppléants du comité technique de l'établissement.